De diagnose marfansyndroom wordt gesteld op grond van een combinatie van lichaamseigenschappen en van cardiologische en oogheelkundige kenmerken. Daarbij wordt ook DNA-onderzoek gebruikt.
(Zie ook Hoe wordt de diagnose marfansyndroom gesteld?)

Geen van deze lichaamskenmerken komt alleen voor bij het marfansyndroom. Daarom is het belangrijk dat gekeken wordt of iemand met een aantal marfankenmerken inderdaad marfan heeft of wellicht een andere aandoening. Dat geldt zeker voor degenen bij wie een mutatie in het gen voor het marfansyndroom niet is aangetoond.

Enkele voorbeelden van aandoeningen waaraan gedacht kan worden zijn ehlers-danlossyndroom, ectopia-lentissyndroom en loeys-dietzsyndroom. Dit onderscheid is van belang omdat bij het stellen van een andere diagnose ook sprake kan zijn van een andere manier van overerven en van een andere prognose en beleid. (zie ook Marfan gerelateerde aandoeningen)